Η πόλη των Χανίων κατοικείται από την προϊστορική περίοδο (3000-2800 π.Χ.). Τα Χανια ειναι μία από τις σημαντικότερες μινωικές πόλεις, που έχει ταυτισθεί με την αρχαία Κυδωνία.

Ανασκαφη, γενικη αποψη 1980

Ο αρχικός οικισμός ήταν πάνω στο λόφο Καστέλι, που δεσπόζει πάνω από το Ενετικό Λιμάνι των σημερινών Χανίων.
Από το 1966 μέχρι σήμερα γίνονται σωστικές και συστηματικές ανασκαφές από την ΚΕ' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων. Σημαντικό τμήμα της πόλης ανασκάπτεται σε συνεργασία με την ελληνοσουηδική ανασκαφή και το Σουηδικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο. Μερικά από τα σημαντικότερα ευρήματα της ανασκαφής εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.

Εκεί βρέθηκαν ανάμεσα σε πλήθος άλλων ευρημάτων, πινακίδες της Γραμμικής Α αλλά και της Β γραφής,  η οποία είναι η πρώτη ελληνική γραφή. Οι πινακίδες αυτές φυλάσσονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων. Κατά τη μυθολογία ιδρυτής της Κυδωνίας ήταν ο Κύδων, γιος του Μίνωα και της νύμφης Ακακκαλίδος.

Η Κυδωνία ήταν σημαντική αρχαία πόλη-κράτος στην Βορειοδυτική ακτή της Κρήτης, στο σημείο όπου σήμερα είναι κτισμένη η πόλη των Χανίων. Κατά τον θρύλο, η Κυδωνία ιδρύθηκα από τον Βασιλιά Κύδων, γιο του Ερμή και της Ακακαλλίδας, κόρης του Βασιλιά Μίνωα.

Οι κάτοικοι της Κυδωνίας αναφέρονται στο δωδέκατο βιβλίο της Αινειάδας, όπου οι εξαιρετικές ικανότητες τους στην τοξοβολία χρησιμοποιούνται σε μία εκτεταμένη Βιργιλική παραβολή περιγράφοντας την κάθοδο του Θυμού στην Γιουτούρνα.

Στα τείχη της Παλιάς Πόλης των Χανίων, στο Εθνικό Στάδιο Χανίων και σε άλλα σημεία της πόλης, αποκαλύπτεται η αρχαία Κυδωνία. Οι συστηματικές ανασκαφές που έχουν γίνει, αποκάλυψαν, ανάμεσα στα πρώτα ευρήματα, νέο γραπτό υλικό το οποίο διαφωτίζει τη μινωϊκή εποχή. Ανάμεσα στους χώρους που αποκαλύφθηκαν, ένας ημιστεγασμένος χώρος παρασκευής γευμάτων.

Στο λόφο του Καστελλιού, δίπλα στο λιμάνι, αποκαλύφθηκε ένας ακέραιος ενεπίγραφος ψευδόστομος αμφορέας, που φέρει κείμενο στη Γραμμική Β΄ και δύο τμήματα πήλινων πινακίδων με τη Γραμμική Α΄. Επίσης, αποκαλύφθηκε ημιστεγασμένος χώρος για την παρασκευή γευμάτων ή την παραγωγή άλλων προϊόντων, όπου διασώζονται ίχνη της φοβερής πυρκαγιάς που κατέστρεψε την πόλη γύρω στο 1450 π.Χ.
Ευρήματα από τις σύγχρονες αρχαιολογικές ανασκαφές εκτίθενται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Χανίων.

Στις δοκιμαστικές τομές για την κατασκευή υπόγειου πάρκινγκ στο Στάδιο Χανίων, αποκαλύπτονται πλήθος αρχαίων τάφων του 4ου αιώνα π.Χ. Μεταξύ αυτών υπάρχουν μαζικοί ενταφιασμοί (λόγω λοιμών ή πολέμων), πολλοί ενταφιασμοί βρεφών σε πήλινους αμφορείς (δείχνουν υψηλό ποσοστό παιδικής θνησιμότητας) και ένας ενταφιασμός καταδίκου.